南宋紹熙五年（1194年）黃河決陽(yáng)武故堤，侵汴、泗奪淮河入海，形成黃、淮、運(yùn)河在清口交匯，黃河多沙，以“善淤、善決、善徙”著稱(chēng)，水、沙情勢(shì)復(fù)雜，造成交通運(yùn)輸?shù)年P(guān)隘，故清口為河道治理的重點(diǎn)、難點(diǎn)。
1.開(kāi)鑿清江浦。自春秋時(shí)期吳王開(kāi)鑿邗溝以后，在淮安境內(nèi)泗水、淮河、邗溝一直是南北大運(yùn)河的主體。明永樂(lè)二年（1404年）命陳瑄為漕運(yùn)總兵官，先由海運(yùn)，后改以?xún)?nèi)河漕運(yùn)為主，對(duì)南北大運(yùn)河進(jìn)行了全面治理。首先，沿北宋喬維岳所開(kāi)的沙河，自淮安（今淮安區(qū)）城西管家湖開(kāi)清江浦河，至淮陰鴨陳口（今淮陰區(qū)馬頭鎮(zhèn)惠濟(jì)祠附近）入黃（淮）河。既免除了船舶過(guò)壩問(wèn)題，也避開(kāi)山陽(yáng)灣“運(yùn)舟多罹覆溺” 的風(fēng)險(xiǎn)。同時(shí)，在清江浦河上遞建板閘、移風(fēng)、清江（浦）、福興和新莊五座節(jié)制閘，保證漕船暢通。為平抑水位，萬(wàn)歷十七年（1589年）又在各閘旁開(kāi)越河，建越閘。直至二十世紀(jì)五十年代，清江正越閘兩側(cè)，一直是淮安古城區(qū)繁華的商業(yè)中心。
清江浦河的水源原是由管家湖補(bǔ)給，因黃河泥沙的淤積，到明中期，清口及以下的黃河河底已與兩岸地面基本持平。洪澤湖水庫(kù)建成后，清口的淮水“三分濟(jì)運(yùn)，七分?jǐn)滁S”。洪澤湖已是運(yùn)河水的補(bǔ)給源。因此，運(yùn)河水的流向，由東向西改為由西向東。同時(shí)，運(yùn)河又承擔(dān)淮、沂、沭、泗流域的部分排水任務(wù)。
2.江南河道的治理。黃河奪淮前期，分別侵奪渦、潁、汴、泗等多道奪淮入海，其災(zāi)害多在淮河中上游地區(qū)。明弘治五年（1492年），黃河決黃陵岡荊隆口，分?jǐn)?shù)道北犯張秋運(yùn)河，危及漕運(yùn)。次年，劉大夏受命治河，筑黃河北岸黃陵岡太行堤，使黃河全流南下經(jīng)汴水、泗水奪淮河入海。從隆慶到萬(wàn)歷初，運(yùn)河的治理重點(diǎn)集中在徐州以北至濟(jì)寧的南四湖地區(qū)。徐州以下經(jīng)清口至海口，以及淮揚(yáng)運(yùn)河，都是黃河水患的重災(zāi)區(qū)，清口附近黃河連年決口，“河漕”受阻。萬(wàn)歷六年（1578年）黃河決崔鎮(zhèn)（今泗陽(yáng)縣史集）而北，淮水決高堰（今洪澤湖大堤）而東，清口只剩下一溝之水，淮、揚(yáng)兩府地區(qū)一片澤國(guó)，運(yùn)道完全中斷。同年，潘季馴第三次任總理河道兼漕運(yùn)都御史，到淮安治河，創(chuàng)建并實(shí)施“以堤束水”“以水攻沙”“蓄清刷黃”的治河理論和實(shí)踐，創(chuàng)建了淮安清口水利樞紐。從此，直至黃河北徙，清口及其附近的黃、淮、運(yùn)河一直是全國(guó)的治理重點(diǎn)。
清代，朝廷沿用潘氏“蓄清刷黃”的理論和實(shí)踐，并厲行“避黃行運(yùn)”的方略，開(kāi)中河，使運(yùn)道完全脫離黃河。浚治清口，使清水暢出刷黃、濟(jì)運(yùn)。在這期間，固定了從開(kāi)封經(jīng)徐州到淮安的黃河河道，使其水流集中入海；加筑高家堰，提高刷黃能力；整治淮揚(yáng)運(yùn)河。然而，清口淤墊勢(shì)不可免，由里運(yùn)河進(jìn)入中運(yùn)河，其艱難被稱(chēng)為水上蜀道。延至道光年間，南河總督張井使用“灌塘法”，艱難之極，被稱(chēng)為“陸地行舟”。咸豐五年（1855年），黃河北徙，沖斷山東運(yùn)河，漕運(yùn)中止十余年。
3.清口的變遷。古清口，在明初只是泗水會(huì)淮之口。到明朝中期以后，是淮河會(huì)黃的口門(mén)。萬(wàn)歷以后，也是引洪澤湖淮水刷黃的取水口。中運(yùn)河開(kāi)鑿以后，這里集中有清河口（黃河口）、淮河七條引河口、中運(yùn)河口和里運(yùn)河口。中運(yùn)河與黃河并行，淮河與黃河斜交，里運(yùn)河口與黃河口相向，里運(yùn)河、淮河（洪澤湖）常受到黃河倒灌。故明清時(shí)期，里運(yùn)口移建多達(dá)十次以上。如喬維岳的磨盤(pán)（運(yùn)）口，在大清口對(duì)岸（在今淮陰船閘以北，楊莊老街附近）；明永樂(lè)陳瑄的鴨陳（運(yùn)）口位于小清口對(duì)岸（今淮陰船閘西，新莊附近）；萬(wàn)歷潘季馴的運(yùn)口移位于陳瑄新莊運(yùn)口以南；清康熙時(shí)靳輔將運(yùn)口更南移至洪澤湖出口的爛泥淺上；現(xiàn)在馬頭鎮(zhèn)南側(cè)的運(yùn)口遺址，則是乾隆二年（1737年）以后形成的。運(yùn)河在這里形成“之”字形狀。黃河北徙以后，清口的治理基本停滯，1935年淮陰船閘建成后，里運(yùn)河與中運(yùn)河才基本做到直線(xiàn)對(duì)接，不再迂回，節(jié)省12公里水程。
康熙十六年（1677年），靳輔出任河道總督，開(kāi)始大規(guī)模治理河道。首先疏浚黃河下游清口至云梯關(guān)河道，使洪水得以暢流入海，相繼堵塞高家堰及黃河各處決口。在遏制了洪水的泛濫之勢(shì)后，靳輔又先后完成了改移運(yùn)口于七里墩，開(kāi)爛泥淺、三岔河、裴家場(chǎng)、帥家莊四引河；疏浚皂河、開(kāi)挖中運(yùn)河等工程。經(jīng)過(guò)幾年的治理，黃河安流，漕運(yùn)通暢。
康熙四十一年(1702年) ，河道總督張鵬翮在陶莊開(kāi)引河，導(dǎo)黃河北行，后又大挑清口內(nèi)各引河，由原來(lái)四條擴(kuò)建為七條（增加張福引河、天然引河、太平引河），各引河總匯點(diǎn)北距清口束水東西壩二里左右。此后十余年，清流順暢，會(huì)黃入海，漕運(yùn)無(wú)阻。乾隆四十一年（1776年），江南河道總督薩載開(kāi)挖陶莊運(yùn)河，于次年竣工。
4.運(yùn)河的整治。從山東省界到長(zhǎng)江邊的運(yùn)河，除開(kāi)鑿清江浦河以外，先后開(kāi)挖從直河口（沂水入泗口，在今睢寧縣古邳鎮(zhèn)南）到清口的皂河、通濟(jì)新河（在今駱馬湖中）、中（運(yùn)）河。淮揚(yáng)運(yùn)河古為邗溝，河道多串湖而成，故明代稱(chēng)之為“湖漕”。清康熙時(shí)，靳輔在高郵湖中開(kāi)永安河，修復(fù)決口十余年的清水潭，使河、湖完全分離；疏浚山陽(yáng)（今淮安區(qū)）、清河（今市區(qū)）、寶應(yīng)、高郵和江都（含今揚(yáng)州市區(qū)）境內(nèi)的運(yùn)河，增筑兩岸堤防，堵塞運(yùn)道上所有決口，先后完成了淮揚(yáng)運(yùn)河上的減水壩和平（分）水閘，修建22處運(yùn)河通湖河道的港口。康熙三十九年(1700年) ，張鵬翮繼續(xù)實(shí)施靳輔的方略，疏浚運(yùn)河?xùn)|堤減水壩下游的河道，使運(yùn)河下泄的水經(jīng)射陽(yáng)湖加速入海；建金灣減壩，連同原有的減水壩、減水閘，加速下泄的淮水入江，保證了運(yùn)河的正常通航。
5.黃河上河的治理（淮安以北）。“凡河道工程，黃、淮二瀆為大，運(yùn)河次之，永定河又次之，及南北條諸川湖淀附流入海、分流濟(jì)運(yùn)者咸受治焉”。康熙二十四年（1685年）秋，靳輔“以河南地在上游，河南有失，則江南河道淤淀不旋踵。乃筑考城、儀封堤七千九百八十九丈，封丘荊隆口大月堤三百三十丈，滎陽(yáng)埽工三百十丈，又鑿睢寧南岸龍虎山減水閘四”。雍正元年（1723年），齊蘇勒任河道總督，對(duì)陽(yáng)武、祥符、商丘三縣交界處修建堤防進(jìn)行大修，建子堤長(zhǎng)九千二百八十八丈，隔堤長(zhǎng)七百八十丈。雍正二年（1724年） ，嵇曾筠在河南擔(dān)任副總河期間，就培修南北大堤二十二萬(wàn)三千丈；次年，又修南北兩岸危險(xiǎn)工程，增培兩岸堤工，加筑土壩；雍正六年（1728）七月，齊蘇勒奏稱(chēng)“黃淮運(yùn)河大工告成”“于本年七月二十七日通行修理完竣”。雍正八年（1730年），又大修黃運(yùn)兩河堤二十四萬(wàn)一千丈。
6.黃、淮下河的治理（淮安清口以東）。治理黃、淮入海口，靳輔力主在上游加固加高堤壩。他在黃淮運(yùn)治理上取得成功的同時(shí)，在治理黃淮下河問(wèn)題上與康熙以及直隸總督于成龍發(fā)生分歧，因而被革職。康熙三十九年(1700年)，張鵬翮任河道總督，一面盡拆攔黃壩，一面開(kāi)浚近海河身。張鵬翮以后歷任河道總督，在治理黃河下游淤積的問(wèn)題上一般都采用靳輔的“束水攻沙”之法。但在淮河流域雨水稀少的年份，此舉導(dǎo)致洪澤湖水位較低，不能蓄清刷黃，黃河下游泥沙不斷沉積，河床抬高。為了攻沙，第二年又不得不抬高洪澤湖的水位，引起連鎖反應(yīng)，黃河由上而下，兩岸堤壩也不斷加高。黃河水位則越來(lái)越高，堤壩越來(lái)越危險(xiǎn)。乾隆以后，黃河河患頻繁發(fā)生，最大一次是在咸豐五年（1855年），直接導(dǎo)致了黃河的改道北歸。
7.黃、運(yùn)分離。黃河、運(yùn)河治理是河道總督最核心的職責(zé)。清初運(yùn)河河道可謂敝壞已極，雖有局部疏浚，卻于大局無(wú)補(bǔ)。康熙十九年（1680年），總河靳輔開(kāi)皂河四十里，即以原直河口與董口之間的皂河為口通黃河，由皂河口向北偏西開(kāi)河至窯灣接泇河。由于皂河口為黃水倒灌容易淤積，康熙二十年（1681年），又自皂河以東，歷龍岡岔路口至張家莊二十里挑新河三千余丈，并移運(yùn)口于張家莊，即張莊運(yùn)口。康熙二十五年（1686年），靳輔加筑清河縣（今清江浦區(qū)）之西黃河北岸遙堤后，于遙堤、縷堤之間挑挖中河行運(yùn)。中河自張莊運(yùn)口至清口對(duì)岸，長(zhǎng)180里，于清河縣西仲家莊建閘泄水通運(yùn)，工程于康熙二十七年（1688年）正月竣工。至此，黃、運(yùn)徹底分離，最大限度地減少了黃河對(duì)運(yùn)河的不利影響，使得元明以來(lái)的“河漕”不復(fù)存在。
康熙三十八年（1699年），河道總督于成龍棄中河下段，改鑿六十里，曰“新中河”， 康熙三十九年（1700年），河道總督張鵬翮又截用舊中河上段、新中河下段合為一河，并在兩岸筑河堤一萬(wàn)多丈，這就是最后成型的中河。從此“中河安流，舟楫甚便”。康熙四十二年（1703年），把中運(yùn)河口改在下游的楊莊。
