清代沿襲明代的黃、淮、運河治理機構，仍駐節(jié)濟寧，并成為固定職官，其主官的正稱：河道總督，品級為正二品。
1.總督河道部院。清康熙十六年（1677年），以安徽巡撫靳輔為河道總督。靳輔以治理重點、難點在淮安清口，河督署卻在七八百里外的濟寧，為便于就近指揮，于第二年在清江浦設立“行館”。從靳輔開始，此后的歷任河道總督都無一例外地駐節(jié)于清江浦，而濟寧卻多成為副總河的辦公處了。清代，駐節(jié)清江浦的河道總督共有12任11位，歷時51年。
設立于清江浦的河道總督署的前身，是明永樂十五年（1417年）始設的戶部分司公署。戶部分司是戶部的派出機構，專理設立于清江浦的漕糧轉(zhuǎn)搬倉——常盈倉出納維修等事務，“天下糧倉”的故事就發(fā)生在這里。
2.江南河道總督部院。雍正七年（1729年），清朝分設江南河道總督，駐清江浦，管理江蘇、安徽兩省的黃、淮、運河，簡稱南河，江蘇巡撫尹繼善轉(zhuǎn)任江南河道總督，衙署為原河道總督署。改原河道副總督為山東、河南河道總督，駐濟寧州，管理山東、河南兩省的黃運兩河，簡稱東河，吏部尚書、原河道副總督嵇曾筠任東河總督。雍正八年，又設管理海河水系的北河總督，駐節(jié)天津。南河、東河、北河，合稱“三河”。從雍正七年至咸豐十一年（1729—1861年）南河總督裁撤，駐清江浦的江南河道總督共有44任34位，歷時132年。
3.漕運總督署。咸豐十一年（1861年）裁撤江南河道總督后，以漕運總督兼領其事。次年，即同治元年（1862年），漕督吳棠奉旨從淮安府（今淮安區(qū)）遷來清江浦。因為咸豐十年清江浦被捻軍攻破后，南河總督署被焚毀，所以，吳棠在原總河署廢墟上重建新公署，其“規(guī)模之大，縣城無兩”。光緒三十一年（1905年），漕督裁撤，設江淮行省，遂改為江淮巡撫署。其間，先后有31位漕運總督駐節(jié)于此，歷時43年。
4.江淮巡撫署。光緒三十一年（1905年），朝廷慮及清江浦“實為綰轂水陸之沖，北連徐海，南控淮陰，地既適中，勢尤扼要”，遂議定設江淮行省，管轄江、淮、徐、揚四府及通、海兩直隸州，省會清江浦，巡撫公署仍沿用原漕督衙門。同年，江淮省裁撤。
5.江北提督署。光緒三十一年（1905年）至宣統(tǒng)三年（1911年），古衙署又更換為軍事機構——江北提督署，駐浦提督共有7名正職，職銜為從一品。袁世凱把持的中央練兵處三個司的正使均曾來浦任職：軍政司正使劉永慶、軍學司正使王士珍、軍令司正使段祺瑞。 “北洋三杰”中的“兩杰”王士珍、段祺瑞均曾駐節(jié)于此。宣統(tǒng)三年（1911年）秋，武昌起義后，清江浦光復，江北提督裁撤。
6.江北都督署。武昌起義后，清廷駐清江浦新軍第十三混成十三協(xié)官兵起義，淮安光復。清江浦各界人士公推原清軍江北軍事參議官蔣雁行為“江北都督”，古衙署又變?yōu)榻倍级礁?/span>
7.護軍使、鎮(zhèn)守使公署。民國元年（1912年）5月，袁世凱任命程德全為江北護軍使，裁并江北軍政府，古衙署又改為江北護軍使公署。民國5年（1916年），改江北護軍使為淮揚鎮(zhèn)守使，又成為淮揚鎮(zhèn)守使公署。
8.駐軍公署。1927年冬，北伐軍攻取清江浦，淮揚鎮(zhèn)守使公署消失，古衙署成為國民革命軍第二十六軍總指揮部。
9.城南公園、葉園。1928年，古衙署西側辟建為城南公園。古衙署辦公場所漸為公私所占有。抗戰(zhàn)勝利后，蘇皖邊區(qū)政府修復城南公園，為紀念黑茶山遇難的葉挺將軍，易名為“葉挺公園”，李一氓主席親筆題名“葉園”。
