南宋紹熙五年（1194年），黃河奪泗奪淮以后，古淮、泗水交匯處的清口（又稱淮泗口）成為黃、淮、運(yùn)河的交匯處，使淮安成為我國(guó)南北水上交通繞不開(kāi)的關(guān)口，漕運(yùn)的咽喉，大運(yùn)河上最難治理的地區(qū)之一。“居天下之中，北達(dá)河、泗，南通大江，西接汝蔡，東近滄溟”，唐宋直至明清，都在淮安設(shè)有漕糧轉(zhuǎn)運(yùn)倉(cāng)。
明代永樂(lè)年間遷都北京后，黃河和運(yùn)河有險(xiǎn)情就臨時(shí)派遣尚書(shū)、侍郎及都督等去主持治河事務(wù)。永樂(lè)二年（1404年），平江伯陳瑄為漕運(yùn)總兵官駐節(jié)淮安，開(kāi)始以海運(yùn)為主。至永樂(lè)十三四年，山東會(huì)通河、淮安清江浦河次第通航后，漕糧以內(nèi)河運(yùn)輸為主，漕運(yùn)總兵官遂統(tǒng)管河道、漕運(yùn)之事。明景泰二年（1451年），始設(shè)漕運(yùn)都御史。此后，多以漕運(yùn)總兵官或漕運(yùn)都御史兼理河道。
明成化七年（1471年），始設(shè)總理河道，此后，逐漸成為常設(shè)職官，衙署設(shè)于山東濟(jì)寧。隆慶年間（1567—1572年），總理河道加提督軍務(wù)銜；萬(wàn)歷時(shí)，設(shè)總理河道兼提督軍務(wù)。萬(wàn)歷六年（1578年），潘季馴第三次總理河漕兼提督軍務(wù)，駐節(jié)淮安，主持治理黃、淮、運(yùn)河。他在經(jīng)過(guò)前兩次治理實(shí)踐和吸取前人治河經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上，提出治理黃、淮、運(yùn)河的關(guān)鍵是治黃，應(yīng)當(dāng)把治河與治漕，治河與治淮，治河、治淮與治海口，興利與除害結(jié)合起來(lái)，統(tǒng)籌規(guī)劃治理。他的治水思想和治水方略，得到朝廷的支持，一項(xiàng)以清口為中心的規(guī)模空前的治理黃、淮、運(yùn)河總體工程開(kāi)始實(shí)施。在潘季馴任上，淮安清口水利樞紐初具規(guī)模，該樞紐包括：清口以上數(shù)百里的黃河兩堤“束水攻沙”系統(tǒng)工程，加固加高高家堰的“蓄清刷黃”系統(tǒng)工程，清江浦河口的“防黃倒灌”與“引水濟(jì)運(yùn)”工程，以歸仁堤為主的“減黃助清”工程，清口以下的減水壩工程等。
潘季馴治理黃、淮、運(yùn)河的理論與實(shí)踐，為后世所遵循與發(fā)展。清代的河督靳輔、張鵬翮、齊蘇勒，江南河道總督嵇曾筠、高斌、麟慶、吳嗣爵、蘭第錫等人也都對(duì)清口樞紐進(jìn)行了大規(guī)模建設(shè)，使清口成為同時(shí)期技術(shù)領(lǐng)先世界的大型水利樞紐。同時(shí)，清口區(qū)域也成為歷代水利專家從事科技創(chuàng)新、展示聰明才智的最佳場(chǎng)所。清口作為歷史久遠(yuǎn)的水利樞紐，施行了三項(xiàng)國(guó)際公認(rèn)的古代世界水利科技創(chuàng)新成果：一是世界最早的箱式船閘誕生地；二是世界領(lǐng)先的治理多沙河流技術(shù)；三是洪汛高水位的堵決技術(shù)。
